Enquêter séparément sur les souches de couleur du pelage

En étudiant séparément les souches de couleur de pelage, nous avons identifié des motifs ROH distincts. 10) a été détecté dans l'échantillon de châtaignier. Ensemble couvraient une longueur de 7,7 Mb (tableau 3).7 Mb (tableau 3). Quatre de ces régions homozygotes chevauchantes étaient privées et étaient situées sur ECA2, ECA3 (deux îles) et ECA10. Selon nos attentes, les chevaux Noriker de couleur marron avaient une région homozygote de 851 kb sur ECA3, contenant parmi 15 gènes annotés le récepteur de la mélanocortine 1 (MC1R), responsable de la couleur du pelage marron (Fig. 4). Des haplotypes étendus autour du locus MC1R ont déjà été prouvés par McCue et al. (2012), Petersen et al. (2013) et Grilz-Seger et al. (2018). Une autre île privée sur ECA3 était partagée par 58,3 % des châtaigniers et abritait les gènes de la famille des porteurs de soluté 39 membre 8 (SLC39A8) et la protéine d'échafaudage des cellules B avec des répétitions ankyrine 1 (BANK1). La troisième région homozygote chevauchante sur ECA2 aux positions 28,66-28. 86 Mb étaient présents chez 51 % des chevaux alezan, contenant 10 gènes annotés, et la quatrième île privée sur ECA10 englobait trois membres des gènes du doigt zink (ZNF304, ZNF772 et ZNF773) et le gène de l'aurora kinase C (AURKC) (tableau 3 ).

Dans l'échantillon de la baie, sept îles ROH sur ECA3, ECA9, ECA10 et ECA11 d'une longueur totale de 3,9 Mb ont été identifiées (tableau 4). Une île sur ECA10 à la position 24,68-24,80 Mb, partagée par 50,8 % des chevaux, était privée pour les chevaux bai et contenait six gènes annotés. Dans l'échantillon noir, le plus petit nombre d'îlots ROH (n = 4), couvrant ensemble une longueur totale de 3,8 Mb, a été trouvé sur ECA3, ECA9 et ECA11 (tableau 5). Ces quatre îles chevauchent en général celles de l'échantillon de baie en position et en longueur.

Chez les chevaux rouan, huit îles sur ECA2, ECA3, ECA9, ECA11 et ECA15 ont été identifiées, couvrant au total une longueur de 5,8 Mb, et l'île sur ECA15 était également présente dans l'échantillon de léopard tacheté. Toutes les autres îles chevauchaient celles de l'échantillon noir et différaient légèrement en longueur et en position (tableau 6).

Parmi les chevaux tachetés de léopard, neuf îles sur ECA2, ECA3, ECA6, ECA9, ECA11 et ECA15 avec une longueur totale de 7,2 Mb ont été identifiées (tableau 7). Deux d'entre eux, localisés sur ECA6 et ECA11, n'ont été trouvés que dans cette sous-population. La région homozygote chevauchante sur ECA6 en position 28,80-30,11 Mb, contenant les gènes CACNA2D4, LRTM2, ADIPOR2, WNT5B, FBXL14, ERC1, RAD52, WNK1, NINJ2 et B4GALNT3, était partagée par 76,3 % des animaux tachetés de léopard. Il est intéressant de noter que cette île de ROH a également été trouvée dans une étude précédente sur le cheval de montagne bosniaque, la race de cheval la plus ancienne de la péninsule des Balkans (Grilz-Seger et al. 2018). La couleur du pelage tacheté de léopard a été détectée dans des échantillons d'ADN anciens datant de 25 000 ans provenant de chevaux sauvages prédomestiques d'Europe occidentale et orientale (Pruvost et al. 2011). Dans la race Noriker, cette variante de couleur a été mentionnée pour la première fois en 1652, et son origine a généralement été attribuée à des chevaux locaux de la région alpine centrale (Grilz-Seger et al. 2017).

Dans la race Noriker, une forte pression de sélection vers un phénotype Léopard tacheté bien marqué (génotype : LP/lp PATN1/-) existe et des phénotypes non favorisés, tels que quelques taches (LP/LP PATN1/-) et des couvertures neigeuses (LP/lp patn1/patn1), ne sont pas utilisés à des fins de reproduction. En raison de cette sélection diversifiée favorisant les animaux hétérozygotes LP/lp (Bellone et al. 2013 ; Holl et al. 2016 ; Druml et al. 2017a), dans notre échantillon de chevaux tachetés de léopard, aucun îlot ROH n'a été trouvé, y compris le locus LP. Cependant, la sélection d'un phénotype tacheté de léopard bien marqué augmente simultanément la fréquence de l'allèle PATN1 (Druml et al. 2017a; Grilz-Seger et al. 2017). Ainsi, 42 % des chevaux tachetés de léopard partageaient une région homozygote chevauchante autour du locus PATN1 (ECA3:22.08-24. 19 Mb), abritant 28 gènes annotés (Fig. 4). L'état homozygote pour PATN1 a également été confirmé par des analyses de données de génotype effectuées par Druml et al.