Entre 2021 Et 2021
Le cheval de Cleveland Bay est l'une des sept races équines répertoriées comme races prioritaires par le Rare Breeds Survival Trust dans leur liste de surveillance 2021-22. Au cours des 100 dernières années, le nombre d'enregistrements annuels a considérablement fluctué sous les pressions sociales, économiques et environnementales. Le nombre d'immatriculations était au minimum de 2 en 1931, à une époque de grande dépression économique de l'entre-deux-guerres. Il a atteint un maximum de 80 enregistrements en 2006, juste avant le krach financier mondial de 2008, après quoi le nombre d'enregistrements chaque année a considérablement diminué. Dans les années qui ont suivi la Seconde Guerre mondiale, la population de chevaux de Cleveland Bay a connu un goulot d'étranglement démographique (Dell et al., 2020b) lorsque la population d'étalons britanniques a été réduite à seulement 4 animaux et le nombre d'enregistrements de poulains à seulement trois en 1953.
La nature fermée du livre généalogique et le nombre limité d'animaux fondateurs ont tous deux contribué à une augmentation de la consanguinité au fil du temps, de sorte qu'en 2000, la consanguinité moyenne était de 21,39 %. La taille restreinte de la population a eu une influence considérable sur le taux de variation de la consanguinité, le faisant passer à des chiffres négatifs au cours de la période 1925-1935. Dans les années d'après-guerre 1950-1960, la population, en sortie de goulot d'étranglement démographique, a connu une augmentation rapide du taux d'augmentation de la consanguinité, avant de chuter ; au cours des 15 années suivantes (Ballou et Lacy, 1995), le taux d'augmentation de la consanguinité augmentait aussi de telle sorte qu'en 1995, la taille effective de la population mesurée à partir du taux d'augmentation de la consanguinité avait diminué à moins de 20.
Il est largement admis que les populations dont la taille effective de population est inférieure ne sont pas viables (Dell et al., 2020b; Frankham et al. , 2002) et la numérisation du studbook de Cleveland Bay au milieu des années 1990 en ont fait un candidat idéal pour un programme de gestion de la race visant à maximiser la rétention de la diversité génétique en minimisant le taux d'augmentation de la consanguinité. En 2004, il n'y avait aucune preuve que l'adoption des meilleures pratiques, développées dans la conservation des populations d'animaux sauvages en captivité (Ballou & Lacy, 1995), et leur adaptation au monde de l'élevage seraient efficaces pour endiguer le taux d'augmentation de la consanguinité et de réduction. dans la taille effective de la population, qui étaient tous deux des indicateurs clairs de la perte non durable de diversité génétique qui se produisait dans la race Cleveland Bay et une menace importante pour sa survie.
Depuis qu'il a été introduit pour la première fois en tant qu'outil pratique pour les éleveurs pour aider à choisir des couples d'accouplement de parenté moyenne similaire, produisant une descendance d'un coefficient de consanguinité inférieur à la moyenne, le programme d'avis de race SPARKS a contribué à une réduction notable à la fois du taux d'augmentation dans la consanguinité et la relation génétique additive, comme illustré à la figure 8. La ligne de tendance montre que si l'AGR et la consanguinité étaient restés incontrôlés d'ici 2020, ils pourraient bien avoir tous les deux atteint 30 %, avec 25 % de consanguinité équivalant à l'accouplement de frères et sœurs complets ou de animaux parents avec leur propre descendance. Cependant, les résultats de l'analyse PopRep montrent que depuis 2004, l'AGR est resté quasiment constant à 21%, alors que la consanguinité moyenne a fluctué entre 20% et 21%.
En conséquence de la réduction du taux d'augmentation de la consanguinité, la taille effective de la population a montré une amélioration substantielle. D'un minimum de 16 en 1996, l'année où les progrès des logiciels informatiques ont permis de calculer les coefficients de coascendance pour chaque croisement potentiel homme-femme, la taille effective de la population a augmenté de telle sorte qu'en 2012, elle était de 50, la taille ci-dessus. que la FAO des Nations Unies recommande que les populations animales soient maintenues (FAO I, 2004). Entre 2012 et 2020, la taille effective de la population a continué d'augmenter, passant à 100 en 2018 et à 171 en 2020.
Bien qu'il y ait toujours eu des antécédents d'accouplements qui aboutiraient à une descendance avec un coefficient de consanguinité inférieur à la moyenne avant l'introduction du système de gestion de la race SPARKS, ce niveau était d'environ 20 % en 2004 lors de son introduction. Depuis cette année, la conformité a augmenté de manière approximativement linéaire, car un nombre croissant d'éleveurs ont pris connaissance et adopté les conseils et reconnu les avantages pour la race dans son ensemble. De plus, la combinaison de la théorie basée sur SPARKS avec celle des rapports de population, similaires à ceux obtenus à partir de PopRep, a conduit à l'établissement du BCAS. Cette suite de programmes permet de produire des rapports de gestion de la race, ainsi que d'obtenir des informations génétiques de la population liées à ceux-ci afin d'évaluer les effets des plans de gestion sur les paramètres génétiques de la population chaque année, le tout dans un seul cadre de calcul.
La conformité a culminé à 60% en 2015 et à nouveau en 2020, sans aucun doute aidé par une incitation financière aux éleveurs pour élever des poulains conformes, fournie par l'allocation ciblée de subventions annuelles du Horserace Betting Levy Board. Cela a apporté des améliorations significatives dans la taille effective de la population et démontre qu'il est possible de gérer le taux de consanguinité dans une race rare dispersée dans le monde où les éleveurs individuels sont finalement responsables des choix d'accouplement.
Les règlements zootechniques de l'UE de 2016 (post-Brexit, les règlements britanniques sur l'élevage des animaux 2019) stipulent que la sélection de la reproduction doit rester un choix fait par les éleveurs et qu'elle ne peut être prescrite par aucune société de sélection ou autre autorité. En mettant gratuitement à la disposition des éleveurs des conseils sur la gestion de la race dans un format à partir duquel ils peuvent facilement identifier les accouplements potentiels qui bénéficieront à la race dans son ensemble tout en leur permettant d'exercer une liberté de choix sur le phénotype de l'étalon, la Cleveland Bay Horse Society a atteint cet objectif objectifs du système de gestion de la race tout en respectant la législation en vigueur.
Ce qui est devenu de plus en plus clair tout au long de ce projet, c'est que la gestion des races équines rares consiste autant à gagner « le cœur et l'esprit » des éleveurs qu'à gérer les animaux eux-mêmes. Avant l'introduction du programme, il semble qu'il y ait eu une "conformité de base" d'environ 20%, ce qui reflète les efforts "aléatoires" non coordonnés du noyau dévoué des éleveurs de Cleveland Bay. Il est probable que ce « noyau dur » d'éleveurs n'ait pas modifié sa pratique du fait du dispositif. L'augmentation de la conformité s'est probablement produite en encourageant les nouveaux éleveurs. Puiser dans un nouvel enthousiasme pour la conservation d'une race rare.
Bien que certains éleveurs aient accepté la nécessité de contrôler le taux de consanguinité et adopté le schéma dans le cadre de leur « boîte à outils » pour le choix des étalons, d'autres l'ont trouvé trop restrictif. Cela est dû en partie à des restrictions géographiques, car aucun étalon compatible n'est facilement accessible. Cette difficulté a été moins apparente en Amérique du Nord, où le schéma a été accepté par la grande majorité des éleveurs. Cela peut être dû en partie à l'utilisation beaucoup plus importante des techniques d'insémination artificielle (IA) pour la reproduction qu'au Royaume-Uni, où la couverture vivante est encore de loin la norme. Il est également apparu qu'un programme continu d'éducation pour les éleveurs sur les avantages de. Le besoin de tout type de programme de gestion de la race est essentiel. L'accent de ce programme doit être souligné qu'un tel programme ne peut être que volontaire et ne porte pas atteinte au choix individuel du sélectionneur, où la sélection peut être faite sur la base du phénotype ainsi que du génotype.
L'un des avantages du programme qui a contribué à son succès a été la réduction du nombre d'accouplements hautement consanguins ayant lieu chaque année (ceux produisant une descendance avec un coefficient de consanguinité supérieur à 0,24). Pour les éleveurs qui, pour une raison quelconque, ne sont pas en mesure d'entreprendre les accouplements « compatibles SPARKS » les plus avantageux, il semble y avoir une reconnaissance que les accouplements hautement consanguins nuisent à l'avenir de la population, contribuant à l'expression d'allèles délétères et augmentant l'homozygotie. Les données illustrées dans le tableau 5 révèlent que depuis 2010, il y a eu une réduction de la fréquence et du coefficient de consanguinité de ces accouplements hautement consanguins, qui auront tous deux contribué à l'augmentation de la taille effective de la population. L'utilisation croissante d'Internet s'est avérée être à la fois un avantage. Une distraction tant le schéma s'était développé. Bien qu'il puisse fournir un moyen par lequel les sociétés de sélection peuvent diffuser des informations et éduquer les éleveurs, un nombre croissant d'éleveurs s'attend également à ce que son utilisation fournisse un accès ouvert aux données. Depuis 2010, la Cleveland Bay Hose Society of North America a donné accès à l'ensemble des fiches techniques des éleveurs SPARKS sur son site Web, et la Cleveland Bay Horse Society au Royaume-Uni a emboîté le pas en 2014.
Alors que de plus en plus d'éleveurs acceptent les données sous la forme actuelle basée sur les juments, il y a eu un appel croissant pour qu'elles soient également disponibles sous la forme basée sur les étalons. Dans l'ensemble, cela provenait de propriétaires de poulains qui souhaitent acheter des femelles à acheter, ce qui conviendrait à leurs propres programmes d'élevage "internes", et non de propriétaires d'étalons souhaitant utiliser les informations à des fins commerciales. Ces données ont été mises à la disposition des propriétaires d'étalons à partir de 2020. Il est à craindre que cela puisse conduire à ce que la récolte de poulains d'une année soit engendrée par un nombre limité de taureaux. Compromettre la taille effective de la population lorsqu'elle est mesurée par des méthodes de recensement.
Au cours des 16 années du programme, il y a eu des développements substantiels dans les processeurs informatiques et les logiciels informatiques. Le logiciel SPARKS d'origine était un programme 16 bits et GENES était une routine dos. L'utilisation du logiciel sur une machine 64 bits moderne exécutant Windows 10 nécessite l'utilisation d'un logiciel d'émulation tel que DosBox. En effet, à mesure que les ensembles de données deviennent plus grands, il devient nécessaire d'adopter des méthodes plus appropriées pour calculer la matrice de parenté, qui autrement deviennent des routines chronophages nécessitant une puissance de traitement considérable. Cependant, l'environnement statistique open source R apporte une solution à ce problème, et le package OPTISEL (Wellmann, 2019) permet de calculer rapidement les métriques requises.
La possibilité d'intégrer les formats de base de données les plus courants avec les statistiques R via une API (interface de programmation d'application) fournit une voie à la prochaine génération de systèmes de conseil en gestion de race basés sur le cloud pour réussir celui décrit dans cet article.
Les développements de la théorie et des logiciels de gestion des races se poursuivent et, à l'heure actuelle, l'optimisation des contributions génétiques continue d'être la méthode préférée pour gérer la majorité des races de bétail (Meuwissen, 2009). Cependant, il est reconnu que dans les très petites populations, la priorité est de se reproduire à partir d'autant de mâles et de femelles que possible et que la sélection basée sur des valeurs de reproduction estimées basées sur des traits phénotypiques est inappropriée (Oldenrboek et al., 2014). Bien que la sélection d'étalons basée sur des contributions génétiques optimales puisse être efficace dans des races telles que le cheval du Jutland (Nielsen & Kargo, 2020), il n'en reste pas moins que pour notre population équine la plus menacée, le contrôle de l'augmentation de la consanguinité par la gestion de la parenté moyenne reste le méthode la plus appropriée.
Le développement de techniques de séquençage de gènes à l'aide de SNP offre la possibilité d'évaluer les niveaux de consanguinité par des méthodes moléculaires (ROH), et de telles études sont maintenant signalées pour un certain nombre de races équines (McGivney et al., 2020; Todd et al., 2018). Il a été suggéré que cette nouvelle technologie remplacera l'utilisation des pedigrees dans la formulation des plans de sélection (McGivney et al., 2020). Cependant, il a également été établi que lorsqu'un pedigree est robuste et profond, il peut fournir des informations cohérentes avec celles confirmées par l'analyse des ROH (séries d'homozygotie) (Todd et al., 2018) et des races conservant des livres généalogiques robustes couvrant le des siècles, comme le pur-sang et de nombreux chevaux de sport traditionnels ainsi que les races équines indigènes, trouveront que l'analyse utilisant des méthodes basées sur le pedigree est une alternative rentable.