(PDF) Étude de goulot d'étranglement et structure génétique de la population iranienne de chevaux de la mer Caspienne à l'aide de microsatellites
Les principaux objectifs de cette étude étaient d'explorer la diversité génétique et les signatures de sélection à l'échelle du génome chez les chevaux arabes persans et de déterminer la relation génétique des chevaux arabes persans avec d'autres races de chevaux iraniens. Nous avons évalué 71 chevaux de 8 souches matrilinéaires retraçant 47 juments du milieu à la fin du 19e siècle, en utilisant la puce BeadChip de polymorphisme nucléotidique simple (SNP) équin de 670k. L'hétérozygotie moyenne observée et attendue était de (0,43) et (0,45), respectivement, les mesures moyennes de consanguinité (estimations de consanguinité basées sur des séquences d'homozygotie et des informations sur le pedigree) étaient faibles, indiquant une grande diversité génétique chez les chevaux arabes persans. L'analyse de la structure génétique de la population à l'aide de STRUCTURE et de l'analyse en composantes principales a suggéré que les chevaux arabes persans peuvent être divisés en 3 groupes, mais les groupes ne correspondent pas aux souches matrilinéaires traditionnelles. Au total, 15 régions génomiques ont été identifiées par au moins 2 des 3 méthodes mises en œuvre, D, H et H12 de Tajima, comme potentiellement sous-sélectionnées chez les chevaux arabes persans. La plupart de ces pics ont été trouvés sur le chromosome 9, chevauchant des QTL précédemment associés au tempérament du cheval. L'analyse de la fonction biologique des gènes candidats identifiés a mis en évidence l'enrichissement du terme GO « réponse au lipopolysaccharide » et de la voie KEGG « voie de signalisation médiée par les chimiokines », qui sont associés aux réponses immunitaires et peuvent avoir été des cibles de sélection chez les chevaux arabes persans. Des analyses indépendantes des données SNP de 30 chevaux de 4 autres races iraniennes ont suggéré une structure de population distincte entre les races de chevaux persan arabes, turkmènes et caspiennes. Dans l'ensemble, les résultats de cette étude suggèrent une riche diversité génétique chez les chevaux arabes persans et une différenciation génétique claire avec les races turkmène et caspienne.