Variation de la séquence mitochondriale de la boucle D et lignée maternelle chez le cheval de Cleveland Bay en voie de disparition

Quatre-vingt-seize chevaux de Cleveland Bay ont été échantillonnés. Séquence dans cette étude. La diversité haplotypique (h) calculée pour la race est significativement inférieure à celle déterminée pour la majorité des autres équidés domestiques (h = 0,7973) [12]. La diversité haplotypique est en effet plus élevée chez les chevaux Avar (h = 0,93), les chevaux anciens hongrois (h = 0,989), les Akhal Teke modernes (h = 0,945), [13]; Cheval lourd hispano-breton (h = 0,975) et Pré cheval (h = 0,878) [14] ; Lusitanien (h = 1,0), Asturcon (h = 0,80), Argentin Crillo (h = 1,0) et Barb (h = 0,933) [15]. Les races avec une diversité haplotypique inférieure incluent Caballo de Corro (h = 0,733), Paso Fino (h = 0,60), Florida Cracker (h = 0,667) et Sulphur Mustang avec la plus faible rapportée (h = 0,333) [15]. Chacune des races avec un h signalé inférieur à celui trouvé dans la baie de Cleveland a été dérivée d'ensembles d'échantillons significativement plus petits, avec n = 6 dans chaque cas.

Au total, 11 haplotypes ont été identifiés, 4 ont été trouvés pour expliquer 89% des échantillons, ainsi que 7 mineurs. Tous les 11 haplotypes ont déjà été identifiés chez les chevaux domestiques [12]. Les quatre haplotypes principaux sont associés aux lignées et fondateurs d'ascendance féminine suivants.

CB Hap1 correspond à Line One/Three: Stainthorpe's Star (né vers 1850 par Grand Turk 138). Cette jument est antérieure à Dais(y) 318 (le fondateur précédemment enregistré de Line 3 [2]) d'environ 26 ans. Comme les deux partagent le même haplotype d'ADNmt, nous pouvons considérer que les deux lignées partagent un ancêtre féminin commun. Cet haplotype a été trouvé dans 26% des échantillons testés, et la projection des enregistrements généalogiques indique qu'il est présent dans 33% de la population de référence. CB Hap2 est associé à Line Six: Trimmer 269 (né en 1880 par Wonderful 359) et porte l'unique CB Hap 2. Cet haplotype a été trouvé dans 28% des échantillons testés et, par analyse généalogique, est présent dans 28,6% de la référence population. Cet haplotype correspond au type A1 précédemment défini [11]. Le seul autre haplotype du même Clade trouvé dans les échantillons testés était CB Hap 0 ; partagé par deux animaux du Registre de classement et l'échantillon de référence. Cela équivaut au type A5 de Jansen [11].

CB Hap3 s'associe à l'ascendance féminine Line Two / Seven: Depper 39 (né en 1855 par Ottenburgh 222). Alors que la ligne 2 est pratiquement éteinte en descendance directe au sein de la population de référence (n = 3), nous démontrons qu'un haplotype avec une similitude significative est partagé avec la ligne 7 plus récente et plus peuplée, avec une seule différence de base à la position 15597 entre les haplotypes de ces deux lignées ancestrales. Alors que le site 15597 est connu pour être un hotspot mutationnel [11], ce qui pourrait également expliquer la différence d'haplotype ; ces deux haplotypes proviennent du groupe C, tel que défini par des travaux antérieurs sur le partage d'haplotypes mitochondriaux équins [3]. La lignée 7 a été établie par l'élevage de MJ Sunley de Gerrick House, dans les années 1930, à partir de la jument Brilliant du Grading Register. Cette jument aura porté un haplotype qui ne diffère que par deux mutations de l'haplotype porté par les animaux de la lignée 2 (CB Hap3). Il est probable que ces lignées aient une origine maternelle commune, cependant il est difficile de déduire des différences mutationnelles si le lien est dans les générations récentes ou historiques. L'ajout récent au registre de classement de la lignée femelle 9 (courlis) est également d'un haplotype très similaire. Celui-ci présente une seule différence mutationnelle avec la lignée femelle 2 et appartient au même haplotype d'ADNmt Clade B [11]. CB Hap3 a été trouvé dans 13,5% des échantillons testés. Est présent dans 15,2 % de la population de référence. 5% des échantillons testés. Est présent dans 15,2% de la population de référence.2% de la population de référence. CB Hap4 = lignée 5 : Depper 42 (né en 1880 par Barnaby 21) correspond à la lignée décrite par Jansen's Clade C origins [11]. 22 % des animaux testés sont porteurs de cet haplotype, qui se retrouve dans 20 % de la population de référence.

Sept haplotypes mineurs ont été identifiés, chacun étant observé dans des cas uniques ou pas plus de deux autres individus. L'étude du pedigree des chevaux dans lesquels ceux-ci ont été identifiés indique que la majorité se produit chez des individus d'introduction relativement récente dans la race via le registre de classement, ou qui ont un statut en attente de registre de classement. D'autres semblent être étroitement liés à l'un des haplotypes majeurs, avec une ou au plus deux différences de paires de bases. Le taux estimé de mutation de la région de contrôle de l'ADN des mitochondries équines est de 2-4 × 10−8 site-1 an-1 [16], ce qui équivaut à environ une mutation pour 100 000 ans [17]. Plusieurs auteurs ont identifié des hotspots mutationnels dans la région de contrôle de l'ADN mitochondrial équin [11, 18]. Les positions 15585, 15597 et 15650 sont reconnues comme sujettes à mutation à des taux significativement plus élevés que les autres sites [12]. Au sein de notre échantillon, deux haplotypes singletons se produisent, qui sont uniques en ce qui concerne les mutations à ces points chauds. CB Hap6 varie de CB Hap4 par une seule mutation à 15585. De même, CB Hap7 varie de CB Hap1 par une seule mutation, dans ce cas à la position 15597. De plus, si la mutation à 15585 est ignorée, alors les haplotypes CB 8 et 9 apparaissent identique.

CB Hap 8 et 9 proviennent du Clade D de Jansen [11]. Deux animaux présentent l'haplotype D1. Les deux autres haplotypes D2. CB Hap 9 est associé à la lignée d'ascendance féminine 8, qui correspond à seulement 1 % de la population de référence. Cette lignée d'ascendance est d'origine récente dans le registre de classement, remontant à Church House Queenie GR60 par Kingmaker 1807. Cela suggère l'introgression d'une femelle d'origine autre que Cleveland Bay dans la race.

Alors que les archives du stud-book datant de la fin du XVIIIe siècle suggèrent que jusqu'à 17 fondatrices différentes ont contribué à la race, la présente étude n'a identifié que onze haplotypes. Parmi ces 11 haplotypes, 4 sont représentatifs de 89 % de la population moderne de race pure de la baie de Cleveland. En acceptant que les sept haplotypes mineurs sont liés à des points chauds mutationnels connus et peuvent donc être considérés comme des mutations mineures de l'un des quatre haplotypes principaux ou à des introductions relativement récentes dans la race via le registre de classement, il est alors concevable que seules quatre fondatrices contribuent à la population d'aujourd'hui. Cependant, il est difficile de déduire de manière fiable l'échelle de temps de ce ou ces événements fondateurs. En effet, ces quatre femelles seront certainement antérieures à la formation du stud-book et représentent très probablement quatre juments différentes impliquées dans la domestication précoce du cheval ; Jansen et al (2002) ont déterminé que la domestication des chevaux pouvait être raisonnablement expliquée par seulement 77 femelles fondatrices.