Histoire de la population et variabilité génétique du cheval américain Shire

La race de cheval American Shire est actuellement répertoriée dans « état critique », la catégorie de menace la plus grave attribuée par l'American Livestock Breeds Conservancy. Malgré les inquiétudes concernant l'avenir de la race, aucune analyse génétique approfondie de la race n'a été menée à ce jour. Les données généalogiques de 85 671 chevaux Shire nés entre 1806 et 2011 ont été utilisées pour déterminer la variabilité génétique actuelle et historique du cheval Shire depuis l'arrivée des premiers animaux importés du Royaume-Uni aux États-Unis. À partir de cet ensemble de données plus vaste, une population de référence de 1 152 animaux représentant la génération la plus actuelle a été définie. La taille effective de la population était de 330,5, avec un total de 832 fondateurs et une complétude élevée du pedigree (98,2 pour cent) sur cinq générations. Le nombre effectif de fondateurs, d'ancêtres et de génomes était respectivement de 104,5, 28,6 et 13,9. Le coefficient moyen de consanguinité était de 2,4 pour cent à partir des données généalogiques complètes et de 1. 3 pour cent lorsque les cinq générations les plus récentes ont été prises en compte. L'analyse démographique a également révélé un goulot d'étranglement de la population dans les années 1950. Les dix ancêtres masculins et féminins les plus influents ont contribué respectivement à 48,5 pour cent et 11,6 pour cent de la population de référence, et seuls trois taureaux de fondation sont responsables de 95,6 pour cent de toutes les lignées paternelles de la génération actuelle. Bien que l'évaluation actuelle de la variabilité génétique indique une population relativement saine, le petit nombre d'animaux reproducteurs, les faibles taux de natalité et l'augmentation constante des coefficients de consanguinité font de l'American Shire une race à risque pour laquelle des stratégies de conservation doivent être envisagées.